El BRENDA es la base de datos comprensiva de la información de la enzima . Se mantiene y se desarrolla en el instituto de la bioquímica en la universidad de Colonia . Los datos sobre funciones de la enzima se extraen directo de la literatura primaria. Los cheques formales y de consistencia son hechos por programas de computadora y cada conjunto de datos se comprueba manualmente. La última actualización estaba en enero, el 2004 que incluyó:
Aumento grande del
en la puesta al día de velocidad
Desarrollo del nuevo hojeador del EC-árbol
hojeador del Taxonomía-árbol
Search Engine químico de la subestructura para la estructura del ligand
Desarrollo del vocabulario controlado
Ontología para algunos campos de información
Tesoro para los nombres del ligand.
Uso
La base de datos cubre 40 zonas de informaciones con la información sobre nomenclatura, reacción y especificidad, estructura de la enzima, el aislamiento /preparation, la estabilidad, las referencias de la literatura y las referencias recíprocas a la secuencia y a los bancos de datos 3D-structure.El recurso está disponible gratuitamente para los usuarios académicos, no lucrativos; el uso comercial requiere una licencia. Para el uso requiere el registro por el email. La base de datos se puede buscar por número de la EC, nombre de la enzima, el organismo, o una búsqueda avanzada que combina estos términos.
Ejemplo
Como un ejemplo usted puede utilizar la búsqueda rápida para buscar para la deshidrogenasa del piruvato. Esta búsqueda da varias formas de la enzima. Si usted chasca encendido la deshidrogenasa del piruvato (NADP+) le lleva a una página que le da la información encendido:Nomenclatura de la enzima
Interacciones del ligand de la enzima
Parámetros funcionales
Información relacionada del organismo
Estructura de la enzima
Características moleculares
Bibliografía/acoplamientos/enfermedad
Esta página también demuestra todos los organismos que contienen esta enzima . Si usted quiso determinar la enzima de la deshidrogenasa del piruvato encontrada en seres humanos usted puede utilizar la búsqueda anticipada usar esta pregunta: nombre de la enzima = deshidrogenasa del piruvato sapiens del organismo = de homo
Esta pregunta da la deshidrogenasa del piruvato del resultado (lipoamide).
Otros métodos de búsqueda incluyen la búsqueda con texto completo, búsqueda de la subestructura, búsqueda de TaxTree (buscar un organismo en árbol de la taxonomía), buscan el árbol de la EC y es posible hacer una búsqueda de la secuencia.
Otras bases de datos
BRENDA también liga a otras bases de datos. Incluyendo KEGG que proporciona la información sobre el camino que la enzima está implicada adentro. También liga a la información de la ontología del gene con el Web site del IR. Hay también acoplamientos a la literatura con PubMed. Otras bases de datos ese acoplamiento de BRENDA a incluir:ExPASy
Bases de datos de NCBI (proteína, nucleótido, estructura, genoma, OMIM, dominios
Nomenclatura de la enzima de IUBMB
Base de datos del PDB (información 3D)
PROSITE
SYSTERS
Base de datos del mutante de la proteína
SCOP
Catedral
InterPro
Extensiones de la base de datos
En fecha el enero de 2007, el depósito de datos fue complementado por datos de la texto-explotación minera en:AMENDA (explotación minera automática de los datos de la enzima); y
FRENDA (datos completos de la enzima de la referencia)
.
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