El BioPerl es una colección de módulos del Perl que faciliten el desarrollo de las escrituras del Perl para los usos de la bioinformática . Ha desempeñado un papel integral en el proyecto de genoma humano . Es un proyecto de software de la fuente abierta que todavía está en el desarrollo activo. El primer lanzamiento estable estaba en el 2002 del 11 de junio, (en términos de API) el lanzamiento estable más reciente es 1. Hay también lanzamientos inestables del revelador producidos periódico, el ser más reciente 1.2 del 6 de diciembre [[ 006]].2 se considera ser (en términos de insectos) la versión más estable de BioPerl y se cree para ser conveniente para la mayoría de los requisitos de la gente.
Para aprovecharse de BioPerl, de las necesidades de usuario una comprensión básica del lenguaje de programación del Perl incluyendo una comprensión de cómo utilizar referencias, los módulos, los objetos y los métodos del Perl.
Ventajas
BioPerl proporciona los módulos de programación para muchas de las tareas típicas de la programación de la bioinformática. Éstos incluyen:
Datos de la secuencia de acceso del
bases de datos locales y alejadas
Formatos de transformación de los expedientes del archivo de base de datos
Secuencias individuales de manipulación
Búsqueda para las secuencias similares
Alineaciones de la secuencia que crean y de manipulaciones * Búsqueda para los genes y otras estructuras en la DNA genomic
Anotaciones legibles por la máquina de la secuencia que se convierten
Uso
Además de ser utilizado directo por los usuarios finales, BioPerl también ha proporcionado la base para una gran variedad de herramientas bioinformatic, incluyendo entre otros:
SynBrowse
GeneComber
TFBS
MIMOX
BioParser
Diseño degenerado de la cartilla
Preguntar las bases de datos públicas
Tabla comparativa actual
Las nuevas herramientas y los algoritmos de los reveladores externos se integran a menudo directo en BioPerl sí mismo:
que se ocupa de los árboles filogenéticos y de las taxus jerarquizadas
Herramientas del Web de FPC
Ver también
Fundación abierta de la bioinformáticaBioPerl.org
Una clase particular para usar BioPerl
Documentos de HOWTO para usar BioPerl
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