el

l este artículo está sobre un campo de fuerza molecular del uso y de la dinámica . Para más significados del chapucero de la palabra, ver el ocuparse vanamente (desambiguación) .

el CHAPUCERO es un programa de modelado molecular con un completo y el paquete global para los mecánicos moleculares y la dinámica molecular, con algunas características especiales para los biopolímeros el corazón del paquete del CHAPUCERO es un sistema modular de las rutinas accesibles que permiten la manipulación de coordenadas y de la evaluación de la energía potencial y derivados en una manera directa.

El CHAPUCERO trabaja en Windows, mac, y Unix/linux y su código fuente está disponible gratuitamente para cualquier persona que lo quiera (véase: Acoplamientos externos). El código fue escrito en el FORTRAN77 con extensiones comunes y una cierta C. El código es mantenido por Jay Ponder en la Facultad de Medicina de la universidad de Washington.

Características

Los programas se proporcionan para realizar muchas funciones incluyendo: minimización de la energía sobre coordenadas cartesianos, ángulos torsionales o cuerpos rígidos vía gradiente conyugal, métrico variable o un método truncado de Newton;

  • dinámica del cuerpo molecular, estocástico, y rígido con límites y el control periódicos de la temperatura y de la presión;
  • análisis vibratorio del modo normal;
  • geometría de distancia incluyendo en parejas un metrization al azar eficiente;
  • estructuras de la proteína del edificio y del ácido nucléico de la secuencia;
  • recocido simulado con varios protocolos de enfriamiento;
  • análisis y avería de energías potenciales monopunto;
  • verificación de los derivados analíticos de potenciales estándar y definidos por el usario;
  • localización de un estado de transición entre dos mínimos;
  • búsqueda completa de la superficie de la energía vía un " Conformación Scanning" método;
  • cálculos de la energía libre vía la perturbación de la energía libre o el análisis cargado del histograma;
  • el caber de parámetros potenciales intermoleculares a los datos estructurales y termodinámicos; y
  • optimización global vía alisar superficial de la energía incluyendo para poseer el " El alisar y Search" del potencial; Método (PSS).

    Ver también


    dinámica molecular
    Geometría molecular

    • .

  • Zenithic
  • San Francisco Spiders
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