El Clustal es un programa de computadora múltiple de la alineación de la secuencia ampliamente utilizado . La última versión es 1. Hay dos variaciones principales:
ClustalW : línea interfaz de comando
ClustalX : Esta versión tiene un interfaz utilizador gráfico. Está disponible para OS y Unix/linux de Windows, del mac.
Este programa está disponible del ftp server europeo del instituto de la bioinformática. Elegir el unix para Unix/linux, mac del para el OS del mac, o DOS del para Windows.
Entrada-salida
Este programa acepta una amplia gama en formato de la entrada. NBRF/PIR incluido, FASTA, EMBL/Swissprot, Clustal, GCC/MSF, GCG9 RSF y GDE.
El formato de la salida puede ser uno o muchos del siguiente: Clustal, NBRF/PIR, GCG/MSF, PHYLIP, GDE, NEXO.
Alineación múltiple de la secuencia
Hay tres pasos principales: deHacer un
Éstos se hacen automáticamente cuando usted selecciona el " Terminar Alignment". Otras opciones son " Hacer la alineación del tree" de la guía; y " Only" del árbol de la guía del producto;.
Alineaciones del perfil
En parejas las alineaciones se computan para todos contra todas las secuencias, y las semejanzas se almacenan en una matriz. Esto entonces se convierte en una matriz de distancia, donde las medidas de la distancia reflejan la distancia evolutiva entre cada par de secuencias.
De esta matriz de distancia, un árbol de la guía, o el árbol filogenético, para la orden en la cual los pares de secuencias deben ser alineados y ser combinados con alineaciones anteriores se construye usar un algoritmo de agrupamiento vecino-que ensambla. Las secuencias se alinean progresivamente en cada punto de rama, a partir de los menos pares distantes de secuencias.
Ajuste
Los usuarios pueden alinear las secuencias usar el ajuste de defecto, pero de vez en cuando puede ser útil modificar lo suyo parámetros para requisitos particulares.Los parámetros principales son la pena de la abertura del boquete, y la pena de la extensión del boquete.
Versión acelerada
Un FPGA basó la versión del algoritmo de ClustalW ofrecido por Progeniq aparece al speedup de 20 dobleces contra la puesta en práctica del software en el mismo procesador.| Random links: | Centro de exposición nacional | Niforeika | Empezar-o-Matic | Condimentos celestiales | Constitución 1893 del Reino de Hawaii |