El dominio de la transmembrana del denota generalmente una hélice alfa del solo de la transmembrana de una proteína de la transmembrana. Se llama " domain" porque una alfa-hélice en membrana se puede doblar independiente en el resto de la proteína, similar a los dominios de las proteínas solubles en agua . Más amplio, un dominio de la transmembrana del es cualquier estructura tridimensional de la proteína que sea termodinámico establo en membrana. Ésta puede ser una sola hélice alfa, un complejo estable de varias hélices alfa de la transmembrana, un barril beta de la transmembrana, una beta-hélice Gramicidin A, o cualquier otra estructura. Las hélices de la transmembrana son generalmente cerca de 20 aminoácidos en longitud, aunque puedan ser mucho más largas o más cortas.
Identificación de las hélices de la transmembrana
Las hélices de la transmembrana son visibles en estructuras de las proteínas de la membrana determinadas por la difracción de radiografía . Pueden también ser predichas en base Hydrophobicity . Porque el interior del bilayer y los interiores de la mayoría de las proteínas de la estructura sabida son el hidrofóbico, se presume para ser un requisito de los aminoácidos que atraviesan una membrana esa ellos sean hidrofóbicos también. Sin embargo, las bombas de membrana y los canales del ion también contienen residuos cargados y polares numerosos dentro de los segmentos generalmente no polares de la transmembrana.Usar el análisis de Hydrophobicity predecir hélices de la transmembrana permite una predicción alternadamente del " topology" de la transmembrana; de una proteína; es decir predicción de qué partes de ella resaltan en la célula, resaltan de qué piezas hacia fuera, y cuántas veces la cadena de la proteína cruza la membrana. Tales métodos de la predicción se aplican comúnmente con un éxito limitado.
La CORREA del paquete de la bioinformática proporciona el acceso a 15 diversos algoritmos de la predicción de la TM-hélice.
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