El archipiélago filipino es uno de los grandes depósitos del mundo de la biodiversidad y del endemism . El archipiélago incluye sobre 7000 islas, y una área de tierra total de 300.

Las Filipinas nunca fueron conectadas con el Asia del continente vía los puentes de tierra, así que la flora y la fauna de las islas tuvieron que cruzar los estrechos del océano para alcanzar las Filipinas. Las Filipinas son parte del ecozone de Indomalaya, y su flora y fauna se deriva sobre todo de Asia tropical. El botánico, las Filipinas es parte de Malesia, una provincia florística que incluya la península Malay, el Indonesia, y el Nueva Guinea . La mayor parte de la flora de Malesian se deriva de Asia tropical, incluyendo el Dipterocarps que son el árbol característico de los bosques filipinos. Los elementos de la flora antártica, que originó en el supercontinent antiguo del hemisferio meridional Gondwana, están también presentes, incluyendo coníferas antiguas como los podocarps (Podocarpus, Nageia, Sundacarpus ) y los araucarias (Agathis ).

El Ecoregions de las Filipinas es definido sobre todo por los niveles del mar durante las edades de hielo, que eran 120 metros más bajo que actualmente, pues los mil millones de galones de agua fueron trabados lejos en hojas de hielo continentales enormes. Esta gota en nivel del mar conectó muchos actualmente las islas separadas en islas más grandes, que permitieron intercambios de flora y de fauna:
Mayor incluido Luzon, Catanduanes, Marinduque, Polillo, y varias pequeñas islas de Luzon del .
Mayor incluido Mindanao de Mindanao del, Basilan, Bohol, Leyte, Samar, y pequeñas islas adyacentes.
Mayor incluido Palawan, Balabac, Busuanga, Culion, Cuyo, y pequeñas islas adyacentes de Palawan del .
Mayor incluido Negros de Negros-Panay del, Panay, Cebú, y Masbate .
El mayor Sulu incluyó la mayor parte de el archipiélago de Sulu, Tawi Tawi al Jolo .

Estas islas antes ligadas cada uno constituyen un ecoregion separado, al igual que el Mindoro, junto con el cual permanecían a parte del resto, algunas islas más pequeñas, notablemente Camiguin, Sibuyan, y Siquijor.

Cada grupo de islas que eran también por tierra ligados puentes en las edades de hielo constituye una región fáunica separada. La carencia de un puente de tierra al continente asiático evitó que la mayor parte de el asiático Megafauna, incluyendo el rinoceronte de los elefantes, los leopardos de los tigres de los Tapirs y el Gibbons alcanzara las Filipinas, aunque habiten las islas indonesias adyacente Sundaland, que fueron ligadas antes al continente asiático por los niveles bajados del mar.

El otro factor principal que define los ecoregions filipinos es elevación; las altas montañas de Luzon y de Mindanao reciben ecoregions montane distintos de la selva tropical. Las montañas de Luzon están también a casa a los bosques tropicales del pino de Luzon.