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La base de datos de la secuencia de GenBank es un acceso abierto, colección anotada de todos público - las secuencias disponibles del nucleótido y sus traducciones de la proteína . Esta base de datos se presenta en el centro nacional para la información (NCBI) de la biotecnología como parte de la colaboración internacional de la base de datos de la secuencia de nucleótido, o el INSDC . GenBank y sus colaboradores reciben las secuencias producidas en laboratorios en el mundo entero de más de 100.000 organismos distintos. GenBank continúa creciendo a una tarifa exponencial, doblando cada 10 meses. El lanzamiento 155, producido en el agosto de 2006, contuvo sobre 65 mil millones bases del nucleótido en más de 61 millones de secuencias. GenBank es construido por sumisiones directas de laboratorios individuales, así como de sumisiones a granel de centros de secuencia en grande.
Las sumisiones directas se hacen a GenBank usar el BankIt, que es una forma en Internet, o el programa independiente de la sumisión, cequi. Sobre recibo de una sumisión de la secuencia, el personal de GenBank asigna un número de accesión a la secuencia y realiza cheques de la garantía de calidad. Las sumisiones entonces se lanzan a la base de datos pública, donde están recuperables las entradas por el Entrez o transferible de FTP . Las sumisiones a granel expresaron la etiqueta (EST), sitio marcado con etiqueta secuencia (STS), secuencia (GSS) de la secuencia de la encuesta sobre el genoma, y los datos de la secuencia (HTGS) del genoma del Alto-Rendimiento de procesamiento son presentados lo más a menudo posible por los centros de secuencia en grande. El GenBank que las sumisiones directas agrupan también procesa secuencias microbianas completas del genoma.
Historia
El Goad de Gualterio de la biología y del grupo teóricos de la biofísica en el laboratorio nacional de Los Alamos y otros estableció la base de datos de la secuencia de Los Alamos en 1979, que culminó en 1982 con la creación del GenBank público financiado por los institutos nacionales de la salud, el National Science Foundation, el Ministerio de Energía y el Departamento de Defensa. LANL colaboró en GenBank con el perno, el Beranek, y el Newman firmes, y para el final de 1983 más de 2.000 secuencias fueron almacenados en él.En los a mediados de los años ochenta, la compañía de la bioinformática de Intelligenetics en la Universidad de Stanford manejó el proyecto de GenBank en colaboración con LANL. Como uno de los proyectos más tempranos de la comunidad de la bioinformática sobre el Internet, el proyecto de GenBank comenzó a grupos de las noticias BIOSCI /Bionet para promover comunicaciones del acceso abierto entre bioscientists. Durante 1989 a 1992, el proyecto de GenBank transitioned al centro nacional creado recientemente para la información de la biotecnología.
Crecimiento de GenBank
Las notas de lanzamiento de GenBank para el estado del lanzamiento 162.0 (octubre de 2007) que " a partir de 1982 al presente, el número de bases en GenBank ha doblado aproximadamente cada 18 months." El diagrama siguiente demuestra claramente el crecimiento exponencial. (En una escala del semi-registro tal como esto, una línea recta representa un cambio exponencial.)
La base de datos de GenBank incluye los conjuntos de datos adicionales que se construyen mecánicamente de la colección de datos de secuencia principal, y por lo tanto se excluye de esta cuenta.
Ver también
Ensembl
HPRD
Análisis de la secuencia
Secuencia que perfila la herramienta
Adorno de la secuencia
UniProt
Lista de los genomas eucarióticos ordenados
Lista de los genomas archeal ordenados
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