Después de la guerra, la marina de guerra lo envió a la Universidad de Columbia, en donde él ganó las licenciaturas en las matemáticas y la física . Sus asignaciones del comando incluyeron la escuadrilla 46 del ataque, el molinete regulador 6 de portador, la empresa de USS Álamo (LSD-33), y de USS (CVN-65); estes 3ultimo durante la guerra de Vietnam .
Sus postes de comando del personal incluyeron a director de la oficina de la valoración del programa, vicedirector del personal común del planeamiento de la blanco estratégica, y el comandante, sistemas de aire navales ordena . Allí él era instrumental en el desarrollo y la adquisición de los aviones de combate del avispón F/A-18. Lee se retiró de ese billete el 31 de octubre de 1976.
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