El NNSA fue formado en 1999 en respuesta al escándalo del espionaje de Wen Ho Lee en el laboratorio nacional de Los Alamos .
En junio de 2006, el New York Times divulgó que la información delicada en trabajadores de las armas nucleares había sido robada del NNSA, e indicó que el hurto había ido no denunciado por nueve meses que seguían el hurto.
El 5 de enero de 2007, presidente Bush aceptó la recomendación del secretario de Energía Bodman de señalar el Tom D'Agostino como administrador temporario. Recientemente, Tom sirvió como administrador adjunto de NNSA para los programas de defensa.
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