McGauran fue designado ministro para la ciencia y tecnología en el gobierno de Howard en 1996, sin embargo, el 26 de septiembre de 1997, lo forzaron a dimitir su posición debido a la impropiedad ministerial en lo referente al " Recorrido Rorts" asunto. Él volvió al ministerio en 1998, como el ministro para los artes y el centenario de la federación 1998-2001, el ministro para la ciencia 2001-04, y ministro para la ciudadanía y los asuntos multiculturales 2004-05. En julio de 2005 lo promovieron al gabinete e hizo ministro para la agricultura, la pesca y la silvicultura, una posición que él llevó a cabo hasta el noviembre de 2007.
Después de la dimisión Mark Vaile, McGauran del líder de los nacionales fue esperado desafiar para la dirección, sin embargo, él cayó de la raza, indicando que era hora para que miembros más jovenes contribuyan al partido, y que él miraba adelante a usar su experiencia para ayudarles.
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