El sistema del tres-dominio del es una clasificación biológica introducida por el Carl Woese en 1990 que acentúe su separación de los Prokaryotes en dos grupos, original llamada el Eubacteria del y el Archaebacteria del . Woese sostuvo eso, en base de diferencias en los genes del rRNA 16S estos dos grupos y los eucariotas cada uno se presentaron por separado de un ancestral Progenote con maquinaria genética mal desarrollada . Para reflejar estas líneas de pendiente primarias, él trató cada uno como dominio, dividido en varios diversos reinos que retitularon a los grupos también las bacterias, Archaea, y Eukarya, más futuro acentuando la identidad separada de los dos grupos del prokaryote.

Aunque el sistema del tres-dominio fuera adoptado rápidamente por la mayoría de los systematists moleculares, los biólogos como el Ernst Mayr lo criticaron para accentuar la unicidad demasiado del archaebacteria y no hacer caso de semejanzas genéticas fuertes entre los grupos. Los estudios subsecuentes han confirmado que el archaea es inusual en la composición de su membrana celular y de la estructura de sus flagelos . Otras diferencias significativas incluyen los sistemas archaeal para la réplica de la DNA y la transcripción que llevan semejanza distinta a ésas encontradas en eucariotas. Por ejemplo, la polimerasa de ARN archaeal consiste en hasta 14 subunidades, mientras que la mayoría de las polimerasas de ARN bacterianas tienen solamente 4 subunidades. El análisis de estas subunidades sugiere que sean más estrechamente vinculadas a ésas encontradas en eucariotas. También, el producto del archaea un número de proteínas DNA-obligatorias con semejanza a las histonas eucarióticas .

Sin embargo, un punto de vista de la minoría sugiere el conservar del más viejo sistema del Dos-imperio (Prokaryota y Eukaryota) y el usar de la bacteria del de la palabra en su significado anterior del prokaryote del .

Qué sistema es preferible depende en parte de las relaciones de los organismos en la pregunta. Aunque se desacredite la hipótesis de Progenote, los árboles moleculares tienden a agrupar cosas vivas en los tres dominios, con los eucariotas colocados al lado o dentro del Archaea y del eubacteria que forman una rama separada. Sin embargo, se ha sugerido que éste es un artefacto de la atracción larga de la rama y que la raíz puede en lugar de otro pertenecer entre el eubacteria, en este caso divergieron muchas líneas eubacterial antes de que lo hiciera el archaebacteria.

En 2006, el descubrimiento de las características únicas Mimivirus comenzó una discusión sobre la clasificación (de ciertos) virus como cuarto dominio de la vida.

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